Микроскопы предназначены для наблюдения как объемных объектов, так и тонких пленочных и прозрачных объектов, а также выполнения разнообразных тонких работ, когда требуется производить какие-либо операции с объектом в ходе наблюдения: препарирования – в биологии, изучения образцов горных пород – в минералогии, выполнения различных технологических операций – в полупроводниковой промышленности, а также в других областях науки и техники. Стереоскопическое восприятие облегчает эти операции.
Наблюдение может производиться как при естественном, так и при искусственном освещении в отраженном и проходящем свете.